新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。